日方在发现不明潜出没领海外，除“爱宕号”之外，并派出 P3C反潜机及三艘护卫舰等全力追踪，防卫大臣林芳正对发生此事表明遗憾，首相福田康夫则下令全力搜查，查明真相。日本军事专家曾公开指出，会入侵日本领海的定是中国海军，中国曾对日方提出抗议。