日本海上保安厅的情报、指挥、通信及控制系统均与日本自卫队相通，但由于日本海上保安厅名义上是日本国土交通省所属部门，因而可以避免许多法律方面的问题。在处理领土争端问题等不方便派遣日本自卫队的情况下，日本政府经常动用海上保安厅控制事态，这样就可以将事态控制在民事范畴内，从而避免导致严重的军事冲突。实际上，为达到实际控制钓鱼岛的战略意图，日本积极调动各种兵力，在钓鱼岛海域已经逐渐形成了“军警协同、联合监控、多层拦截”的强力部署态势。