与中城管区总部相比，石垣保安部位置更靠南，距离我国台湾岛，尤其是钓鱼岛更近一些，所以拦截来自大陆和台湾船只的主要是驻石垣的巡逻舰。平时，石垣保安部的1至2艘巡视船每天在钓鱼岛周边海域进行数次巡逻，并将钓鱼岛周围划分为三个巡逻区域，距钓鱼岛12海里范围内为“绝对禁止区”，对进入该海域的大陆及台湾民间船只“不惜代价”地进行驱逐；12海里-24海里为“严格监控区”，对进入该海域的非日籍船只进行目标识别和喊话驱赶；对24海里以外试图接近钓鱼岛海域的船只，保安厅根据船只等类别，对不同性质目标采取尾随监视、警告、驱离等方式予以密切监控。