日本海上保安厅第11管区下设有名护海上保安署、中城海上保安署、石垣海上保安部及下辖的宫古岛海上保安署、那霸航空基地、石垣航空基地。日本海上保安厅为第11管区配备了包括满载排水量超过4000吨，可搭载直升机的大型巡逻舰在内的十几艘巡逻舰和多条航标设置船，在石垣与那霸航空基地部署有10架陆基巡逻机。