依据新的军事体制，“国防部”下辖军政、军令、军备三个体系，分别由军政、军备副部长、参谋总长督导。军政体系即“国防部”，编设六个司六个室和两个委员会。六个司是：战略规划司、人力司、资源司、法制司、军法司、后备事务司；六个室是：部长办公室、史政编译室、督察室、整合评估室、人事室、会计室；两个委员会是：诉愿审议委员会、国军官兵权益保障委员会。“国防部”所属机关有：总政治作战局、主计局、军医局、军备局和中山科学研究院、国防大学。

　　“国防部”系台湾当局主管台湾地区军事行政事务的机构。其职权为：对于各地最高级行政长官执行该部主管业务，有批示、监督之责；就主管业务，对于各地最高级行政长官之命令或处分，认为有违背法令或逾越权限者，可提经“行政院”会议议决后停止或撤销，但若有紧急情况，可呈请“行政院”院长先行令饬停止该项命令或处分之执行。

　　“国防部”是1946年6月1日在南京国民政府时设立的，但其组织法未公布。1949年国民党政权迁台后，“国防部”也随之去台。1950年时，台湾当局“国防部”仅设办公室、参事室、审计司、人事司、物资司、法规司等六个单位。1970年11月，“国防部组织法”公布。1978年7月，相关之“参谋本部组织法”亦修正公布。

　　“国防部”下设部长办公室、军事发言人室、人力司、物力司、法制司、军法局、主计局、人事局、会计室、战略计划研究委员会、军事工程委员会、作战纲要编辑委员会、研究发展处、诉愿审议委员会等机构。

　　“国防部”置部长一人，为文职官，特任；副部长一人，特任或二级上将；常务次长三人，十四职等或中将；参事若干人，十至十四职等或中(少)将；主任一人，司长三人，局长二人，均十至十四职等或中将；副主任、副司长、副局长各若干人，均十到十四职等或少将；处长若干人，七至十一职等或少将；副处长若干人，七至十一职等或上校；技正、专门委员若干人，均十至十四职等或上校；参谋若干人，上、中、少校；科长、秘书、稽核、编审、专员各若干人，六至九职等或上、中、少校；军法官若干人，上校；编辑、书记官各若干人，均四至六职等或中、少校、上尉；办事员若干人，一至五职等或上、中、少尉；书记若干人，一至三职等；人事室、会计室主任各一人，均六至九职等或中、上校。

　　何应钦：1948年5月—1948年11月

　　徐永昌：1948年11月—1949年1月

　　何应钦：1949年4月—1949年5月(兼)

　　(以上三任均系在国民党统治大陆时期任职)

　　阎锡山：1949年6月—1950年1月(兼)

　　顾祝同：1950年1月—1950年3月

　　俞大维：1950年3月—(未到职)

　　郭寄峤：1951年2月—1954年5月

　　俞大维：1954年5月—1965年1月

　　蒋经国：1965年1月—1969年7月

　　黄杰：1969年7月—1972年6月

　　陈大庆：1972年6月—1973年7月

　　高魁元：1973年7月—1981年12月

　　宋长志：1981年12月—1986年6月

　　汪道渊：1986年6月—1987年4月

　　郑为元：1987年4月—1989年11月

　　郝柏村：1989年12月—1990年5月

　　陈履安：1990年5月—1993年1月

　　孙震：1993年2月—1994年12月

　　蒋仲苓：1994年12月—1999年1月

　　唐飞：1999年1月—2000年5月

　　伍世文：2000年5月—2002年

　　汤曜明：2002年

　　袁守谦：1950年3月—1954年6月

　　黄镇球：1954年6月—1955年8月

　　马纪壮：1955年8月—1959年2月

　　梁序昭：1959年2月—1963年12月

　　蒋经国：1963年12月—1965年1月

　　马纪壮：1965年1月—1972年6月

　　冯启聪：1972年6月—1978年6月

　　郑为元：1978年6月—1981年6月

　　张国英：1981年6月—1987年12月

　　言百谦：1987年4月—1987年12月

　　郭宗清：1987年12月—1990年5月

　　陈守山：1990年5月—1991年6月

　　庄铭耀：1991年6月—1992年5月

　　汪多志：1992年5月—1993年10月

　　顾崇廉：1993年10月—1994年4月

　　赵志远：1994年5月—1996年6月

　　王文燮：1996年7月—1999年1月

　　伍世文：1999年1月—2000年5月

　　陈必照：2000年5月

　　杨继曾：1950年3月—1950年6月

　　朱世明：1950年5月—1950年12月

　　罗机：1950年12月—1965年6月

　　江杓：1954年7月—1955年11月

　　唐君铂：1956年4月—1958年8月

　　张鼎彝：1956年7月—1961年1月

　　徐凤呜：1958年10月—1961年1月

　　蒋坚忍：1961年1月—1965年10月(退休)

　　唐君铂：1964年11月—1966年7月

　　张国英：1965年10月—1967年4月

　　魏崇良：1965年7月—1966年4月

　　毛瀛初：1966年4月—1967年5月

　　汪道渊：1966年7月—1968年2月

　　艾爱：1967年7月—1969年7月

　　夏季屏：1967年6月—1970年7月

　　蒋绍禹：1968年2月—1969年7月

　　雷开宣：1969年8月—1977年8月(退役)

　　杨绍廉：1969年7月—1977年4月

　　崔之道：1970年7月—1978年11月

　　陈钟秀：1977年8月—1983年

　　丁恩元：1978年—1980年3月

　　葛敦华：1978年11月—1980年4月

　　郑本基：1980年4月—1983年7月

　　顾传型：1980年3月—1983年11月

　　区小骥：1983年7月—1986年9月

　　余燕生：1983年11月—1986年4月

　　荣承恩：1982年—1985年4月

　　陈家儒：1985年4月—1986年5月

　　马绪援：1986年4月—1991年5月(退休)

　　郭宗清：1986年4月—1987年11月

　　周学春：1986年9月—1989年4月

　　邓维海：1989年5月任

　　欧阳良：1989年5月任

　　梁球芳：1991年5月—1992年12月

　　丁之发：1991年5月—1992年9月

　　许铭昌：1991年9月—1992年5月

　　叶可蔚：1991年12月任

　　滦勤：1992年5月任

　　罗文山：1992年9月任

　　郭达沾：1994年3月

　　黎克恕：1994年4月

　　黄永厚：—1995年2月

　　沈方祥：—1997年4月

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