为建立三军联合作战机制，台军方考虑将台、澎防御的六个作战区中的澎湖作战区司令官改由海军将领担任，花东作战区的司令官则改由空军担任。目前，六个作战区司令官均由陆军将领兼任。军方人士说，配合台军“精进案”与“博胜案”进度，最快可望于三四年内实现。　

　　据称澎湖作战区是台军建立三军联战机制最好的“实验示范区”，该作战区为岛屿地 形，防御作战以海空及反空降为主。更重要的是该作战区部署三军主要战力装备，包括“天弓”等各型防空、制海导弹、战机、军舰、导弹快艇以及战车等，可作为三军联战机制的新准则、战术战法及实兵验证区。军方人士说，澎湖作战区若完成三军联战机制，有如一个缩小版的“美军太平洋司令部”。　

　　据悉，这项作战区的研究案，颇受陈水扁的重视，“国安会”正深入探讨。　

　　事实上，台“国防部长”汤曜明与“国防大学”校长陈镇湘担任陆军总司令时代就逐步强调澎湖作战区的重要战略地位，台“国防部”也有数个研究案在进行。近期渐有声音，认为作战区司令官应改由海军取代，而“国安会”与陈水扁的军事智囊，对此亦颇为重视。　

　　台军方人士表示澎湖作战区成为三军联战的示范区，必须待军方完成指挥、控制、通信、情报的“博胜案”和组织调整精简的“精进案”之后。2006年是执行的成熟时机，而澎湖作战区所制订的三军联战准则与经验，可作为台湾本岛订定新机制的参考。

　　不过也有军方人士认为，作战区指挥官属哪个军种不重要，重要的是建立联战指挥体系。目前，军方连个验证的场地都找不到，只能在屏东做，而且为免居民抗议，只能利用上午时间，海军还不能发炮。在澎湖验证联战准则与机制，也会遇到同样困扰。