尽管美国政府表示需要兴建全国导弹防御系统，但白宫、国务院及国防部却是各执一词。例如对朝鲜可能研发出足以威胁美国的导弹一事，国务院的官员就不表同意。白宫、国务院、国防部及中央情报局都有官员认为，上述情报报告对威胁的评估几乎全以技术能力为准，而忽略了可使威胁减轻的政治、经济及社会因素；同时也贬低了威慑战略观念的价值；根据此种威慑论，以美国的强大军力来衡量，即使最莽撞的外国领袖对攻击美国也得三思。即使在技术方面，政府内部也意见分歧。国防部官员承认，伊朗发展弹道导弹的计划出现问题，进度显然缓慢。去秋的情报分析说，有些专家相信伊朗的导弹计划“可能在2010年之前”对美形成威胁，但也有人坚称“在2015年之前不太可能”。

　　又如国防部长柯恩一日对有线电视新闻网表示，他相信到2005年前，足以威胁美国安全的威胁就会出现。但是包括朝鲜专家在内的若干官员质疑柯恩的说法，并举朝鲜从去年秋天停止导弹试射及南朝鲜六月高峰会作为反证。包括中情局、国防部情报署、以及国务院的情报研究局在过去几周在提供信息与观点以撰写初稿的过程中，所提出的意见几乎毫无共识可言。