7月1日，美媒体MSNBC载文称：传统上讲，美国总统作为国家军事指挥序列的最高一级应该有权掌控NMD的最终指挥权，但由于国家导弹防御系统必须在极短时间之内发现、跟踪和拦截来袭导弹，因此军方将在这一指挥程序中担任主要角色，军方最高指挥官很有可能将超越总统掌管NMD的最终指挥控制权。事实上，到2005年第一阶段NMD系统投入战场之后，全部指挥和发射权将由军方掌控。负责NMD导弹发射的美国航天司令部总部设在科罗拉多州夏延山，其副司令表示，等到国家导弹防御系统真正投入运行时，几乎没有时间再向总统征求是否可以发射拦截导弹。因此，这一战时指挥和控制国家导弹防御系统的重任将落在航天司令部司令身上。而总统可能只能在航天司令部已发射拦截导弹之后才能接到航天司令部司令的来电，通知他国家已处于战争状态，而且一系列战时应对措施也已就序。