18世纪上半叶，中亚形成了布哈拉、希瓦、浩罕3大汗国三足鼎立的格局。其中，依托绿洲农业和手工业发达的费尔干纳盆地而崛起的浩罕汗国（乌兹别克人为主体），虽然政权建立时间较晚（18世纪初），但在当时的中亚却堪称“地区小霸”，一度称雄整个锡尔河流域。
浩罕领土大都通过武力扩张，并吞弱小部族和侵略邻邦攫取而来，其中也包括中国。原本二者并不接壤，也没有很紧密的联系，直到1759年清朝平定准噶尔、回部之乱，在追讨叛军余部的过程中兵临浩罕边界，双方才正式“搭上线”。
起初，浩罕统治者还想跟清军干一仗，但慑于后者军威没敢找事，遂遣使向清朝称臣纳贡（注：英国人包尔杰所著《阿古柏伯克传》一书甚至认为，1758和1760年清军曾2次进入浩罕，并攻陷2座重镇塔什干、浩罕，迫使浩罕汗国臣服）。次年，乾隆帝发下册封敕书，绵亘百余载的清浩宗藩关系就此确立。
从乾隆二十四年（1759年）至道光元年（1821年）的半个多世纪里，浩罕对于清朝总体上比较恭顺，其遣使喀什噶尔（今喀什，当时驻有清朝处置中亚事务的机构、参赞大臣和驻军）超过50次，另有至少9次派使团远赴京城觐见清廷。之所以如此，一方面由于这段时期清朝国力还比较强大，另一方面则是因为朝贡体系（清朝对宗藩普遍免征贸易税）给浩罕提供了牟取巨额商业利润、壮大自身实力的天赐良机。
19世纪以前，浩罕也曾试图侵占中国领土，比如1762年向清政府提出“以喀什噶尔岭为界”的无理要求，但遭到乾隆严厉斥责，浩罕统治者感觉惹不起清朝，只得暂时收敛野心，将侵略矛头转向西方。
浩罕早期仅占据安集延、浩罕等4城，人口不过6万余户，但其军队素以骁勇善战著称，特别是安集延士兵被誉为“能够以一当百”。经过数十年军事征服，到19世纪前期，浩罕国势日臻极盛，版图北抵锡尔河下游，西至锡尔河左岸，南与英属印度接壤，向东则通过鲸吞原属清朝宗藩的布鲁特（吉尔吉斯族）、哈萨克各部，侵占了巴尔喀什湖以南和西南的大片中国领土（包括伊塞克湖及周边地区），治下人口达百万之众。
与此同时，清朝却自嘉庆时期开始衰落，对西北疆域的控制力、影响力都在减弱，这就给了浩罕继续向东入侵以可乘之机。另外，浩罕统治者长期收留、豢养乾隆年间逃亡的回部叛军头目（即大小和卓）后裔，清廷在招抚失败的情况下，竟然花钱（按英国人记载是每年“奖赏”价值2250至3500英镑的银两）让浩罕方面“监视”和卓家族。
这种花钱消灾的做法虽暂时奏效，却让浩罕统治者对清廷的态度更加骄横，更埋下了后来和卓后裔南疆作乱30余载的祸根。靠着手中这张“王牌”（和卓后裔），奇货可居的浩罕汗国在天山南北获得了近乎垄断地位的贸易特权，浩罕商队在南北疆做生意，不仅来往货物基本免税，还通过“包销”（浩罕汗国控制了中亚至南北疆的商道）其他地区商品大发利市。
经过多年经营，至道光皇帝即位时，喀什噶尔城内的浩罕商户已达3500至5000人，并借助与当地人通婚形成一股强大势力。更有甚者，从嘉庆年间开始，浩罕统治者就不断要求向喀什噶尔派驻所谓“商务监护官”，企图骗取清朝西北边疆关税权。而当清廷予以拒绝后，浩罕统治者便决定利用和卓后裔张格尔等人为先导和鹰犬，武装入侵南疆。
1820年，浩罕爱玛尔汗指使张格尔纠集300多人窜犯喀什噶尔以西的清军哨所，杀害官兵15人，后遭清军大部队追剿，张格尔只带20余名残匪逃回浩罕。清政府查明浩罕系幕后推手，但为避免双方直接冲突而息事宁人，也没采取有效措施加强边防。
过了4年，新上台的浩罕玛达里汗再次支持、怂恿张格尔连续3次进犯喀什噶尔。前2次没有得逞，但清军也付出沉重代价，特别是1825年夏，帮办大臣巴彦巴图等300余名官兵在进山搜捕叛匪时被围阵亡。
道光六年（1826年）6月，张格尔又率500余人进犯南疆并拜谒其先祖墓地，得到大批回部信众（白山派）相迎，叛军气焰陡涨，规模扩至万人。当时清军在整个南疆只有约4000人马，领队大臣乌凌阿、穆克登布抽调千余官兵迎战叛匪，却因寡不敌众而先胜后败，乌凌阿、穆克登布皆战死疆场。
形势由此急转直下。张格尔乘势分派手下进攻英吉沙尔（今英吉沙县）、叶尔羌（今莎车）、和阗（今和田）、阿克苏诸城，并焚毁沿途清朝驿站、军台，导致从6月20至26日，仅一周时间清廷与上述4城的文报联系即告中断。6月22日，张格尔攻破喀什噶尔回城（回部居民为主），紧接着掉头大举围攻喀什噶尔满城（清朝办事机构、驻军所在地）。参赞大臣庆祥亲自督阵坚守，多次杀退围城之敌，双方一时陷入僵持状态。
为防夜长梦多（担心驻伊犁清军来援），张格尔以丰厚战利品和割让城池为条件，向浩罕玛达里汗“借兵”。后者对人口数十万、富得流油的喀什噶尔垂涎已久，马上带兵1万赶到前线。但没想到这段时间里，因回部群起响应，叛军猛增至10余万人，加上探得清朝援兵短期难以到达，张格尔又变卦不想跟玛达里汗“分赃”，结果二者翻脸。
怒火冲天的玛达里汗一边大骂张格尔白眼狼，一边“自求富贵”，指挥部队攻城，张格尔则作壁上观。浩罕军队连续发起4次进攻，伤亡千余人，城下尸体堆积如山，也没能拿下喀什噶尔满城。玛达里汗平生未遭此惨败，痛哭流涕着带领残兵败将撤退。张格尔瞅准这个节骨眼半道“截胡”，将2000余名浩罕军人收作麾下亲兵，进一步增强了叛军实力。
1826年8月25日，被围近70天的喀什噶尔满城终因弹尽粮绝被攻破，清朝参赞大臣庆祥率部巷战，力竭自尽殉国，所属官员皆死于乱军之中，和阗、英吉沙尔、叶尔羌3城也先后陷落。窃据南疆4城后，张格尔纵兵抢掠烧杀，不但将民房、衙署焚毁，还把当地积蓄60余年的官私财富搜刮殆尽并运往浩罕。
边警传来，清廷很快做出反应，于当年7月从全国选派精兵强将组建平叛大军。整个平叛战争中，道光先后从吉林、黑龙江、四川、陕甘和北疆等地抽调3.6万官兵出征，并筹集1116万银两用作军费。史载，当时清军每月耗粮1.5万石，运费高达10多万银两。都说道光“抠门”，但在收复西北这个重大问题上，前者绝对是个明白人。
1826年10月，集结完毕的清军在扬威将军长龄、陕甘总督杨遇春和固原提督杨芳指挥下，兵分3路向喀什噶尔进军。杨芳率6000精锐一马当先，昼夜兼程穿越戈壁天险。1827年2月，短短8天内杨芳就指挥部队3战3捷，以少胜多歼灭数万叛军。
1827年2月底，清军主力进逼喀什噶尔，张格尔率10万之众在城郊浑河南岸列阵20里据守。3月1日，杨芳趁夜间刮风起雾，派骑兵在河岸活动迷惑对手，同时带领大部队从上游偷渡，一举突破叛军防线。此役歼敌超3万，不仅收复了喀什噶尔，还擒获包括张格尔之侄等叛军头目在内4000多名俘虏。
得知张格尔已逃走，清军马上分兵追击并收复另外3座重镇。1827年7月下旬，鉴于远征追剿劳师无功，清军主力撤回内地，留下杨芳领兵8000屯边警戒。当年12月，杨芳打听到张格尔妄图卷土重来的消息，遂将计就计，诱敌深入。12月27至28日，杨芳率精兵疾驰300里，最终将叛军500余人（都是骑兵）聚歼于喀尔铁盖山，并生擒张格尔。
但麻烦并没有到此结束。因痛恨玛达里汗支持张格尔，清廷在平叛获胜后对浩罕实施经济制裁和封锁，结果引发后者新一轮武力报复。1830年9月，浩罕组织了一支3万多人的侵略军入侵南疆，围攻喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌等城。但没等清军主力赶到，浩罕统治者就因本土遭布哈拉汗国入侵而提前撤军。
敌人突然撤走，清廷上下一片哗然，围绕是战是和争论不休。最终，深感国库空虚的道光帝选择了议和，而浩罕统治者也不愿两线作战（同时对付布哈拉和清朝），于是双方一拍即合。1832年议和后，浩罕不仅从清政府手里拿到了通商免税和“商务监护官”任免权（等于霸占清廷关税），获得了发还被查没财产等经济补偿，还通过在喀什噶尔派驻类似领事的外交代表（管束浩罕侨民），得以在南疆享有实质性的治外法权。而此举对中国主权和领土完整的破坏，比后来签署的中英《南京条约》整整早了10年。（作者署名：军情突击手）
